Căn cứ theo bia “Tu tạo Linh Tiên tự bi ký” khắc tháng 11 năm Đinh Tỵ niên hiệu Hoằng Định thứ 18 (năm 1617) chùa được trùng tu do Thiền sư Huệ Nguyên – Nguyễn Văn Tông chủ trì. Bia “Linh Tiên tự ký” chùa được trùng tu lớn nhất vào năm 1654 do Thiền sư Tự Huệ Quảng (thế danh Lê Khả Đắc, người xã Ba Lăng, huyện Thượng Phúc) chủ trì với sự phát bồ đề tâm dâng cúng tiền của gia đình ông bà Ngô Vĩnh Đăng tự Chân Sinh, Lưu Thị Lý hiệu Diệu Minh xây toà tiền đường, thiêu hương, thượng điện và các công trình khác.

Chùa Linh Tiên hiện lưu giữ được một số công trình kiến trúc nghệ thuật như toà Tam bảo, nhà Tổ, nhà Mẫu, Khu Tháp Tổ, bia đá, chuông đồng, thống đá. 

1. Toà thượng điện là công trình chính của chùa (thượng điện hay chính điện thờ Tam bảo). Trong quá trình trùng tu đã phát hiện cách xây dựng độc đáo của tiền nhân với hệ thống “móng treo” rất đặc biệt, bên trong lòng móng có hàng trăm viên gạch “vồ” của thế kỷ 15, 16 .Tuy năm 1945 có trùng tu lại sau khi bị chiến tranh nhưng đó chỉ thay phần mái gỗ lợp ngói thành bê tông còn hệ thống tường móng giữ nguyên của đợt đại trùng tu theo bia “Linh Tiên tự ký” (tạo năm 1654). Hiện nay rất ít công trình kiến trúc đình đền chùa miếu còn loại gạch móng như ở chùa này.

2. Nhà thờ Tổ được tạo dựng bằng gỗ lim. Ngôi nhà này cũng giữ được vẻ độc đáo còn lại ở Việt Nam với hệ thống 6 hàng cột.

3. Tấm bia “Linh Tiên tự ký” được khắc ngày 13 tháng 2 năm Giáp Ngọ niên hiệu Thịnh Đức thứ 2 Triều Lê Thần Tông (năm 1654) do pháp sư Tự Ngọc Bảo, người huyện Tiên Du - Bắc Ninh soạn với bút tích của Hoà thượng Pháp Ấn quê làng Phù Lãng, huyện Đông Ngàn, tỉnh Bắc Ninh. Nội dung ghi công đức của ông,bà Ngô Vĩnh Đăng, Lưu Thị Lý phát tâm làm chùa.

4. Thống đá dùng ngâm gạo làm oản cúng Phật. Trên thân thống được khắc chữ “Tâm” to, dưới viết các bài kệ dạy đệ tử tỏ ngộ tâm tông của Phật tổ do Thiền sư Bất Trược Thủy - Tự Như Liên soạn, đặc biệt là bài:

“Dũng trung tịnh thuỷ nguyệt ảnh tiềm

Nhân nhân bả trốc bất hội nguyên

Nhược nhân ngộ đắc chân như tính

Thượng kiến Như Lai phúc tuệ viên”

Tạm dịch:

“Trong thống nước thanh tịnh, trăng chìm

Cội nguồn chẳng biết đi tìm uổng công

Chân như ai ngộ tính không

Vê tròn phúc tuệ nối dòng Như Lai”

Trên thống ghi niên đại tạo tác vào mùa Hạ niện hiệu Bảo Thái thứ 4 triều vua Lê Dụ Tông (Quý Mão - 1723) do người xã Phù Ủng, huyện Đường Hào - Hồng Phủ (Hải Dương) cúng.

5. Hai tấm bia đá tạo dựng năm Long Đức thứ 3 – Giáp Dần (1734) ghi lại cộng đức của thiền sư Tự Tính Tuyên trụ trì chùa Bằng Liệt và Quang Ân (Thanh Liệt) đã phát tâm xây dựng cầu đá Quang Bình để nhân dân thuận tiện qua lại (Cầu bê tông phía trước chùa hiện nay là hậu thân của cầu đá Quang Bình khi xưa).Tấm bia này hiện đang bảo quản tại chùa Long Quang – xã Thanh Liệt – huyện Thanh Trì.

6. Đại hồng chung (chuông chiêu mộ): được đúc tháng 6 niên hiệu Minh Mệnh thứ 18 triều Nguyễn – Đinh Dậu (1837). Đây là quả chuông (đương thời) to nhất vùng được nhân dân ca ngợi qua câu: “chuông Bằng, trống Lủ, mõ Đình Công, cồng làng Sét”, trên chuông ghi công đức của các hội và tín chủ cúng dàng dưới sự chủ trì của thiền sư Tự Phổ Siêu.

7. Tấm bia khắc ngày 13 tháng 12 năm Quý Tỵ (1954) ghi lại đợt trùng tu toà chính điện do tỉnh trưởng Hà Đông Nguyễn Văn Thanh chủ lễ đặt viên đá đầu tiên.

8. Vườn chùa hiện còn 6 ngôi tháp thờ chư vị tổ sư và các sư giác linh, trong đó có những ngôi tháp cổ: Linh Quang thờ Thiền Sư Tính Tuyên; Tháp Từ Quang thờ thiền sư Chiếu Sửu – Trí Điển.

Chùa Linh Tiên cũng như nhiều chùa khác, do chịu ảnh hưởng của chiến tranh và những thăng trầm lịch sử nên thế hệ trụ trì cũng gián đoạn, chuyển đổi sơn môn.Tạm sắp xếp thế hệ trụ trì như sau:

1.      Sư tổ Tự Huệ Nguyên (thế danh Nguyễn Văn Tông), trụ trì trước sau năm 1617.

2.      Sư tổ Tự Huệ Quảng (thế danh Lê Khả Đắc) quê xã Ba Lăng, huyện Thượng Phúc – Hà Đông. Ngài trụ trì trước sau năm 1654.

3.      Sư tổ Tự Như Liên hiệu Bất Trược Thuỷ, trụ trì trước sau năm 1723. Tổ có công khai trường giảng đạo, tiếp độ đệ tử, đào tạo tăng tài cho Phật pháp đương thời. Trong số các đệ tử có thiền sự Tự Như Tâm quê thôn Trung, xã Thanh Liệt trụ trì Báo Ân đại thiền tự xứ Kinh Bắc, được phong là Trí Giác hoà thượng.

- Năm 1740, Giáp Thân niên hiệu Chính Hoà thứ 25 (Lê Hy Tông). Ngài xây dựng chùa Nội (Quang Ân) và dựng cột trụ “ Thiên Đài” ghi công đức các thí chủ. Cột hiện nay vẫn còn trước sân chùa.

4.      Thiền sư Tự Tính Tuyên trụ trì chùa Linh Tiên trước sau năm 1734 kiêm trụ trì chùa Quang Ân.

5.      Thiền sư Tăng phó Tự Hải Dương.

6.      Thiền sư Tăng phó Tự Tịch Nhu.

7.     Thiền sư Tự Chiếu Sửu - Trí Điển, họ Lưu quê thôn Đông Trạch, xã Đông Ba, huyện Thượng Phúc, Hà Đông. Ngài là thế hệ thứ 4 dòng Thiền Tam Huyền – Nhân Mục chùa Sùng Phúc do Tổ Tính Tuyền - Trạm Công khai sáng.

8.    Thiền sư Thích Phổ Tế - Tự Trí Tâm, họ Hoàng, quê xã Dưỡng Hiền, huyện Thượng Phúc, Hà Đông.

9.    Thiền sư Tự Phổ Quang, người bản xã (Bằng Liệt)

10.  Thiền sư Tự Phổ Siêu, người có công đúc đại hồng chung năm 1837.

11.  Thiền sư Tự Thanh Bình, hiệu Thận Độc, Ngài trụ trì 2 chùa Linh Tiên – thôn Bằng Liệt và Sùng An – thôn Tựu Liệt, viên tịch ngày 9 tháng 7 năm Bính Dần (1926) đệ tử xây tháp thờ vọng tại bản tự, xá lợi an trí tại chùa Sùng An.

12.  Hoà thượng Thích Tường Vân (thế danh Nguyễn Văn Mai) sinh năm Bính Ngọ (1906) viên tịch ngày 2 tháng 2 năm Kỷ Mùi (1979), an táng tại chùa Huỳnh Cung, xã Tam Hiệp, huyện Thanh Trì – Hà Nội. Ngài có công trùng tu chính điện năm 1954, dưới sự chứng kiến và chủ lễ của ông Nguyễn Văn Thanh - Tỉnh trưởng Tỉnh Hà Đông, sau đó về trụ trì chùa Quang Minh phố Ngô Sĩ Liên, quận Đống Đa – Hà Nội cho đến ngày viên tịch.

     - Từ năm 1954 đến 1996 không có sư trụ trì, phật tử tự trông coi.

    - Năm 1996 Thành Hội Phật Giáo Hà Nội bổ nhiệm Thượng Toạ Thích Bảo Nghiêm (trụ trì chùa Lý Triều Quốc Sư- Hà Nội) kiêm trụ trì. Từ đó đến nay chùa đã được tu sửa rất nhiều qua các hạng mục: Bao bọc tường chùa, sửa sang vườn tháp, xây dựng nhà Tăng, tôn trí thêm tượng Tam Thế Phật, Bồ Tát Quán Thế Âm, Bồ Tát Địa Tạng, 2 vị Hộ Pháp, hoành phi câu đối, cửa võng và sơn thếp lại tượng thờ trong chính điện làm thêm vẻ trang nghiêm thanh tịnh.

   - Năm 2003 xây dựng lại Tam Quan trên nền cũ đã bị đổ nát và xây nhà Giảng Kinh.

  - Ngày 09-03-2004, Tại lễ Kỷ niệm 350 năm ngày đại trùng tu chùa (1654 – 2004), với lòng tôn kính truy niệm các bậc Tiền bối có công để nối tiếp công việc “Tiền khai sáng, hậu trùng tu” Trụ trì, Tăng Ni Phật tử nhân dân thập phương đồng tâm phát nguyện xây dựng Bảo tháp Báo Ân thờ Phật, tôn thờ tượng Bồ Tát Quán Thế Âm và 32 hóa thân, 12 đại nguyện của Bồ Tát; 18 tượng A La Hán; xây dựng lại nhà Tổ, trùng tu nhà Mẫu, tăng xá, khách đường..v..v… để góp phần tô thêm cảnh đẹp cho di tích, hưng long tổ đình và là nơi tu tập cho Tăng Ni, Phật tử.

Tháp Báo Ân được xây dựng theo mẫu thiết kế của các kiến trúc sư Việt Nam nổi tiếng và có tham khảo ý kiến của kiến trúc sư Nhật Bản. Bảo tháp được xây dựng trên nguyên tắc kiến trúc truyền thống Phật giáo Việt Nam. Công trình Bảo tháp được xây dựng bởi ba tốp thợ :

Công ty Vinaconex II là đơn vị thi công phần thô.

Tháp được kết hợp với sự trang trí hoa văn và họa tiết khéo léo của bàn tay các nghệ nhân xứ Huế.

Cũng như sự tinh xảo bởi các thợ đúc đồng Ý Yên – Nam Định.

Các chi tiết bệ tượng, cột đá, lan can tháp được trang trí bởi nhóm thợ đá giỏi của huyện Ý Yên – Nam Định.

Sự hiện hữu của Bảo tháp Báo Ân là kế thừa ý nghĩa của tháp Báo thiên thời Lý (Một trong “An Nam Tứ Đại khí”) do Thiền Sư Không Lộ đúc, bao gồm: chuông Quy Điền, tháp Báo Thiên, tượng Quỳnh Lâm (tượng Di Lặc) và vạc Phổ Minh. Rất tiếc hiện nay những Bảo vật ấy không còn tìm thấy.

Bảo tháp xây dựng theo hình tháp Bát giác (theo giáo lý Bát Chính Đạo).Cửa tháp mở ra theo 4 phương: Đông, Tây, Nam, Bắc.

Về kiến trúc Bảo tháp Báo Ân:

+ Phần móng: độ sâu 45m bởi 9 trụ đỡ, mỗi trụ đường kính 1m.

+ Phần thân: tháp cao 45m, tượng trưng cho 45 năm thuyết pháp của Đức Phật Thích Ca Mâu Ni.

+ Phần ngọn: đúc bằng đồng nặng 1300kg, cao 9,66m.

Từ mặt nền, lên đỉnh tháp cao 54,66m.Tháp gồm 13 tầng theo phẩm Phú chúc, kinh Niết bàn. 8 cột trụ ngoài của tháp đều được làm bằng đá, chạm theo hình long phượng, tượng trưng cho khí âm dương hòa hợp.

+ Tổng diện tích khu vực tháp là 1500m2 sân, được lát bằng đá xanh Thanh Hóa.

Bên trong Tháp tôn trí 104 tượng Đức Phật Thích Ca Mâu Ni bằng đồng ngồi trên bệ đá. Những pho tượng Phật này được kiến tạo theo 3 dạng kết cấu, tỉ lệ với các tầng của tháp, từ chiều cao đến trọng lượng, gồm:

-         40 tượng Phật: Cao 1,55m; nặng 300kg.

-         32 tượng Phật: Cao 1,15m; nặng 200kg.

-         32 tượng Phật: Cao 0,67m; nặng 100kg.

Chung quanh tháp tôn trí 4 tượng Thiên Vương (Đông phương: Trì Quốc Thiên Vương; Nam phương: Tăng Trưởng Thiên Vương; Tây phương: Quảng Mục Thiên Vương; Bắc phương: Đa Văn Thiên Vương) bằng đá, cao 3,50m. Tầng 1 của tháp được ốp bằng đá Thanh hóa cao 7m.

Trên 8 cửa tầng 1 của tháp treo 8 pho sách (cuốn thư) được đúc bằng đồng, mỗi cuốn nặng 250 kg, có chạm nổi các thi phẩm – thiền kệ của các bậc cao tăng Việt Nam đương đại.

Bảo tháp Báo ân đã được xác lập 2 kỷ lục: Năm 2007, tháp Phật giáo cao nhất Việt Nam; năm 2010, tháp có nhiều tượng Phật bằng đồng nhất Việt Nam.

Bảo tháp Báo ân là sự kết hợp hài hòa giữa Phật giáo Nam truyền và Bắc truyền !

Bên cạnh tháp là 18 pho tượng La Hán. Những pho tượng này được kiến trúc theo mẫu các vị La Hán chùa Tây Phương, ngôi chùa cổ ở Hà Nội - Việt Nam.

Tiếp đó là tới vườn Quan Âm, tôn trí 45 pho tượng khác nhau: chính thân, 32 hóa thân theo phẩm Phổ Môn trong kinh Diệu Pháp Liên Hoa và 12 đại nguyện Đức Quán Thế Âm Bồ Tát. Nhằm nói lên tinh thần cứu khổ, ban vui của Bồ Tát cho tất cả chúng sinh trong thế giới này.

Ngày 2/4/2016 Phật tử tiến cúng đỉnh và 2 cây đèn bằng đồng nặng 3000kg.

Ngày 23 tháng 12 năm 2017 (Ngày 6 tháng 11 năm Đinh Dậu -  PL2561). Hòa Thượng trụ trì và nhân dân, Phật tử trùng tu Đại Hùng Bảo Điện, xây dựng Tam quan kiêm gác chuông (bằng gỗ), đúc đại hồng chung (950kg).